まさかのMacbook Proを買った翌日にマイナーチェンジしたものが発売されるという痛い経験をしたところですが、BootcampにWindows8.1を入れるのが今までにないくらい難しかったのでうまくいった時に参考にした手順を日本語訳（私的に訳しました）しておきます。
どうやら調べてみるといろんな原因、いろんな対応法があるようですのでここのやり方はあくまで解決法の1つ、くらいで考えてもらえれば。
これでうまくインストールできる人もいれば、できない人もいると思います。
ちなみに元記事はUSBメモリにインストーラーも入れているようですが、私の場合はUSB2.0で接続したDVDからインストールしました。Bootcamp用のドライバはUSBメモリにいれました。
以下、手順の訳です。
1. BootCampアシスタントを使い、BootCampアップデートを含む3つのオプションを全て選択してインストール用USBメモリを作る
2. パーティションのサイズを設定する
3. 重要：再起動後にOptionキーを押したままにし、再び「Maverick（USBメモリで起動しないでください）」を選び起動する
4. Maverickに戻ったらディスクユーティリティを起動しMacintoshパーティションを選び、「パーティション」タブを選ぶ
5. 新しく作成したパーティション（下側にある一つ）である「BOOTCAMP」を選び、マイナスボタンをクリックして取り除く
訳注：BootCampアシスタントで作ったパーティションがBOOTCAMPという名前のパーティションになっていました。
6. 変更を適用する。この時点でBOOTCAMPというパーティションは無くなっている
7. プラスボタンをクリックし、新しいパーティションを追加する。名前は「Macintosh HD2」のようなものになっている
8. 7.で作成したパーティションを「BOOTCAMP」という名前に変更する
9. 重要：パーティションの種類をExFATに変更する
10. 変更を適用する
11. Optionキーを再度押しながらMacを再起動する。オレンジのUSBデバイスのWINDOWSを選ぶ
補足：DVDディスクから起動しても問題ありませんでした。
12. Windowsのインストール処理が始まり、パーティションを選ぶところまでたどり着く
13. BOOTCAMPパーティションを選び（下にあるもの）フォーマットする
14. 「次へ」ボタンを押してWindows8.1インストール処理を進める
15. 重要：再起動が起きる度にOptionキーを押してWINDOWSドライブを選ぶ（オレンジのUBSメモリではない）
訳注：DVDからインストールしている場合はDVDにもWINDOWSという名前がついていますがハードディスクのアイコンを選んでください。
16. 最後に、Windows8.1のインストール後流れに従いBOOTCAMPドライバーをインストールする
17. 完了
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環境：
MacBook Pro Retina 15インチ Late2013, OS X Mavericks
私はこれのUltimate Editionというものでやりました。