開発中のアプリをiPhoneの実機に転送できなくて、はまっていました。
根本的な解決をしたわけではないですが、あまり情報がみつからなかったので同じようにはまった人の助けになればとおもって残しておきます。
まず、僕が出会ったエラーは
The executable was signed with invalid entitlements.
The entitlements specified in your application’s Code Signing Entitlements file do not match those specified in your provisioning profile.
というものでした。
こちらのサイト様（iPhoneアプリ開発の備忘録）ではクリーンビルドする方法を示されていましたが、僕のサイトではそれでは解決しませんでした。
僕の場合はiOSのバージョンをあげた事が原因なのか（4.3.5にアップしました。）provisioningファイルがiPhone実機とあっていなかったみたいなので、Provisioning Portalから再度Provisioningファイルを作成し、Organizerにインストールして無事に実機へ転送する事ができました。